Το Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών (Π.Δ.Σ.) έχει δομηθεί με τρόπο ώστε να ανταποκρίνεται με τον καλύτερο τρόπο στους στόχους του Προγράμματος, που είναι:
- Η παραγωγή πρωτότυπης έρευνας στα ερευνητικά αντικείμενα του Προγράμματος
- Η ανάπτυξη μελλοντικών μελών Δ.Ε.Π.
- Η ανάπτυξη ερευνητών για τη στελέχωση δημοσιών και ιδιωτικών οργανισμών
- Η παραγωγή δημοσιεύσεων με βάση την έρευνα που διεξάγεται στο Πρόγραμμα.
Τα κύρια χαρακτηριστικά της δομής του Π.Δ.Σ. είναι τα εξής:
- Εκπόνηση ερευνητικής πρότασης
- Αποδοχή από ένα μέλος Δ.Ε.Π. των συνεργαζόμενων Τμημάτων να επιβλέπει την διαδικασία εκπόνησης της διδακτορικής διατριβής
- Ορισμός τριμελούς συμβουλευτικής επιτροπής
- Ορισμός επταμελούς εξεταστικής επιτροπής
- Εκπόνηση της διατριβής
- Υποστήριξη της διατριβής.
Το κύριο στοιχείο της δομής του διδακτορικού είναι η εκπόνηση της διατριβής, η οποία απαιτεί πρωτότυπη έρευνα.
Τη δομή του Π.Δ.Σ. δύναται να συμπληρώνουν οι παρουσιάσεις ενδιάμεσων αποτελεσμάτων της διδακτορικής έρευνας.